Скит Троице-Сергиевой лавры, был основан в 1843-1844 годах для монахов, которым требовалось уединение. Долгое время Черниговский скит был частью находящегося на противоположном берегу пруда Гефсиманского скита, но от зданий последнего сейчас осталась лишь ограда, а сам Гефсиманский скит занят военными и для посещения недоступен. Все исторические постройки Черниговского скита были возведены между 1861 и 1904 годами и выполнены из красного кирпича. Самое интересное здание – Черниговская церковь в псевдорусском стиле. Она была построена между 1886 и 1889 годами, но под ней находится пещерная церковь 1851 года, первая церковь скита. Высокая колокольня относится к 1895 году.