Изначально комплекс был основан как монастырь Армянской Апостольской Церкви династией Кюрикянов. В XIII веке его передали армянам-халкидонитам, и он стал их главным духовным и художественным центром под юрисдикцией Грузинской Православной Церкви. В начале XVIII века монастырь пришёл в запустение, а в 1802 году по указу российского императора Александра I его восстановили и превратили в центр Греческой Православной Церкви в Закавказье. В настоящее время комплекс принадлежит Армянской Апостольской Церкви, хотя Грузинская православная церковь имеет на него претензии.

Ахтала — это не только монастырь, но и крепость, которая играла важную роль в защите северо-восточных районов Армении (Гугарка). Сохранившиеся крепостные стены с полукруглыми башнями хорошо видны с дороги. Главный вход в крепость находится с северной стороны и представляет собой просторную сводчатую галерею с трёхэтажной башней.